วิถีชีวิตสมัยใหม่ของเราทำให้จุลินทรีย์จำนวนมากที่เคยแพร่หลายหายไปจากไมโครไบโอมของชาวตะวันตกเกือบทั้งหมด จุลินทรีย์สายพันธุ์ที่สูญหายเหล่านี้ ซึ่งเรียกว่า สายพันธุ์ที่สูญหาย มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อสุขภาพของเรา เพราะมีอิทธิพลอย่างลึกซึ้งต่อกระบวนการเผาผลาญ ระบบภูมิคุ้มกัน เกราะป้องกันลำไส้ และแม้แต่แกนลำไส้–สมอง

ประชากรดั้งเดิมยังคงมีจุลินทรีย์เหล่านี้อยู่เป็นจำนวนมากและมีความหลากหลายสูง ในสังคมอุตสาหกรรม จุลินทรีย์หลายสายพันธุ์เหล่านี้หายไปโดยสิ้นเชิงหรือมีจำนวนลดลงอย่างมาก
ดังนั้น หัวเชื้อเริ่มต้นของเราจึงมุ่งเน้นเป็นพิเศษที่สายพันธุ์ซึ่งจากงานวิจัยในปัจจุบันพบว่าลดลงมากที่สุด และในขณะเดียวกันก็ให้ประโยชน์ทางสรีรวิทยาอย่างชัดเจน

ด้านล่างนี้ เราจะแสดงให้เห็นว่าจุลินทรีย์ชนิดใดในชุดของเราเป็นสายพันธุ์ที่สูญหายอย่างแท้จริง และชนิดใดทำหน้าที่เป็นตัวช่วยเสริมเพื่อรักษาเสถียรภาพ