วิถีชีวิตสมัยใหม่ของเราทำให้จุลินทรีย์หลายชนิดที่เคยแพร่หลายเกือบจะหายไปจากไมโครไบโอมของชาวตะวันตกอย่างสิ้นเชิง สปีชีส์ที่สูญหายเหล่านี้ ซึ่งเรียกว่า สปีชีส์ที่สูญหาย มีความสำคัญต่อสุขภาพของเราเพราะมีอิทธิพลอย่างลึกซึ้งต่อการเผาผลาญ ระบบภูมิคุ้มกัน เยื่อบุลำไส้ และแม้แต่แกนลำไส้-สมอง

ประชากรดั้งเดิมยังคงมีจุลินทรีย์เหล่านี้ในความหลากหลายสูง ในสังคมอุตสาหกรรม สปีชีส์เหล่านี้หลายชนิดตอนนี้หายไปอย่างสมบูรณ์หรือมีจำนวนลดลงอย่างมาก
ดังนั้นจุลินทรีย์เริ่มต้นของเราจึงมุ่งเน้นเฉพาะสายพันธุ์ที่ตามงานวิจัยปัจจุบันพบว่าลดลงอย่างมากและในขณะเดียวกันก็ให้ประโยชน์ทางสรีรวิทยาที่ชัดเจน

ด้านล่างนี้ เราจะแสดงให้เห็นว่าจุลินทรีย์ใดในชุดของเราเป็นสปีชีส์ที่สูญหายจริง ๆ และชนิดใดทำหน้าที่เป็นตัวเสริมความมั่นคง